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证券交易所实行标准券制度的质押式回购的清算交收，按照中国结算公司的《债券登记、托管与结算业务实施细则》办理清算交收。
(一)初始清算交收
在回购交易日，中国结算公司于当日收市后根据结算备付金账户分户相关规定，按成交金额将结算参与人当日回购成交应收、应付资金数据，与当日其他应收、应付资金数据合并清算，轧差计算出结算参与人净应收或净应付资金余额。
(二)到期清算交收
回购交易到期清算日收市后，中国结算公司按到期购回金额将到期购回的应收、应付资金数据，与其到期清算当日其他应收、应付资金数据合并清算，轧差计算出结算参与人净应收或净应付资金余额。
到期购回金额=购回价格×成交金额÷100
购回价格=100+成交年收益率×100×回购天数÷360
结算参与人客户或自营结算备付金账户净应付款的，应当按照规定履行资金交收义务。
(三)质押券管理
在回购交易存续期间，融资方需在质押库中存放足额的债券作为质押。融资方结算参与人通过交易系统向中国结算公司申报提交质押券，与中国结算公司建立质押关系。对自营融资回购业务，融资方结算参与人应将自营证券账户中的债券作为质押券向中国结算公司提交，并与中国结算公司建立质押关系。对经纪融资回购业务，融资方结算参与人应根据客户的委托，并以融资方结算参与人自己的名义，将该客户证券账户中的债券作为质押券向中国结算公司提交，由中国结算公司实施转移占有，并以融资方结算参与人名义与中国结算公司建立质押关系。
(四)违约处理
质押券欠库的，中国结算公司在该日日终暂不交付或从其资金交收账户中扣划与质押券欠库量等额的资金。如次一交易日未补充申报提交，或补充申报提交质押券后相关证券账户仍然发生质押券欠库的，从该交易日起(含节假日)向该融资方结算参与人收取违约金。
违约金=质押券欠库量等额金额×违约天数×违约金比例
(五)标准券折算率和融资额度计算
标准券折算率是指一单位债券可折成的标准券金额与其面值的比率。标准券折算率计算和公布的有关安排如下：
1.对已在证券交易所上市的、可用以进行回购交易的国债、企业债和其他债券，中国结算公司一般在每星期三收市后根据“标准券折算率计算公式”计算下一星期适用的标准券折算率。
2.对于新上市债券，中国结算公司最迟在新上市债券上市前一日，按照“标准券折算率计算公式”计算该品种债券上市日(含当日)至适用星期适用的标准券折算率。
3.标准券折算率由中国结算公司和沪、深证券交易所在计算当日日终分别通过各自通信系统和网站联合发布。
