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证券交易的结算可以划分为清算和交收两个主要环节。在此基础上，还可以进一步划分为交易数据接收、清算、发送清算结果、结算参与人组织证券或资金以备交收、证券交收和资金交收、发送交收结果、结算参与人划回款项、交收违约处理等八个环节。
一、交易数据接收
沪、深证券交易所在闭市后，会按约定将证券交易数据通过专门通讯链路传输给中国结算公司沪、深分公司。中国结算公司沪、深分公司接收数据时，应当核对所接收数据的完整性。
二、清算
接收完证券交易数据后，中国结算公司沪、深分公司一般在当日日终，作为共同对手方，以结算参与人为单位，对各结算参与人负责清算的证券交易对应的应收和应付价款进行轧抵处理。在清算过程中，除计算应收和应付价款外，还需将印花税、经手费、监管规费等税费一并纳入净额清算中。
三、发送清算结果
清算完毕后，中国结算公司沪、深分公司会通过专用通讯网络，将清算结果数据发送给各结算参与人。
四、结算参与人组织证券或资金以备交收
结算参与人应当根据收到的清算结果，组织证券或资金以备交收。
结算参与人净应付款项的，应当及时核查自身资金交收账户的资金是否足额;如不足，应当在最终交收时点前，向其资金交收账户划入资金。根据有关规定，结算参与人应当在其资金交收账户预留一定金额的资金，其最低限额一般称为最低备付。
五、证券交收和资金交收
在最终交收时点(A股、基金、债券、ETP、权证等品种最终交收试点为T+1日16：00时)，中国结算公司沪、深分公司将进行证券交收和资金交收。
(一)证券交收
证券交收包含两个层面：
一是中国结算公司沪、深分公司与结算参与人的证券交收。中国结算公司沪、深分公司与结算参与人的证券交收一般称为“集中证券交收”。
二是结算参与人与客户之间的证券交收。结算参与人与客户之间的证券交收是结算参与人(通常是证券公司)和客户履行双方证券交易合同的一部分，但由于客户证券账户由中国结算公司沪、深分公司直接维护，因此，为完成相应的证券交收，证券公司需委托中国结算公司沪、深分公司办理相应的证券划付。
(二)资金交收
因中国结算公司沪、深分公司并不直接维护客户的资金账户，因此资金交收仅包括中国结算公司沪、深分公司与结算参与人的资金交收这一“集中资金交收”环节，中国结算公司并不具体处理结算参与人与客户的资金交收。
