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一、证券公司与客户之间的证券清算交收
实践中，对于证券公司与客户之间的证券清算交收，一般由中国结算公司根据成交记录按照业务规则自动办理。证券交收结果等数据由中国结算公司每日传送至证券公司，供其对账和向客户提供余额查询等服务。证券公司根据中国结算公司数据，记录客户清算交收结果。
二、证券公司与客户之间的资金清算交收
在“客户交易结算资金第三方存管”模式下有规定的资金结算程序。证券公司与客户的资金清算交收，需要由证券公司与存管银行配合完成：
1.证券公司负责根据中国结算公司发送的结算数据和存管银行发送的客户资金存取数据完成客户资金的清算，更新客户资金账户的余额，并向存管银行发送客户证券交易清算数据及资金账户余额。
2.存管银行负责根据客户资金的存取数据和证券公司向其发送的证券交易清算数据完成客户管理账户余额的更新，并进行客户资金账户余额与客户管理账户余额的核对，将核对结果发送证券公司。
3.证券公司根据核对无误的清算结果向存管银行发送资金划付指令，存管银行根据证券公司的资金划付指令及时办理资金划付，完成客户证券交易的资金交收。
